Die prophylaktische Wirkung der Akupunktur sei mit der von vorbeugenden Medikamenten vergleichbar. Darauf weist der Berufsverband Deutscher Neurologen unter Berufung auf die Behandlungsleitlinie zu Migräne hin. Das nicht-medikamentöse Verfahren empfehle sich wie auch Entspannungsverfahren wie progressive Muskelentspannung nach Jacobson und Biofeedback, weil Migränemedikamente oft Nebenwirkungen haben und manchmal selbst Ursache für Kopfschmerzen sind, wenn man sie zu oft einnimmt.

Gesetzlich krankenversicherte Migränepatienten, die sich mit Akupunktur behandeln lassen, müssen allerdings die Kosten meist selbst tragen. In der Regel werden zweimal pro Woche Nadeln gesetzt. Im Durchschnitt sind dem Verband zufolge 15 Sitzungen erforderlich, die jeweils 20 bis 30 Minuten dauern. Meist zeigten sich erste Effekte nach etwa der Hälfte der Behandlungen. In extremen Einzelfällen könnten 30 bis 40 Sitzungen für eine Besserung nötig sein. Ratsam seien einige wenige Auffrischungsbehandlungen nach einigen Monaten Abstand. Der Leitlinie zufolge hängt die Wirksamkeit der Methode auch von der Einstellung der Patienten zur Akupunktur ab.